崇圣寺及三塔建成后,寺院保存较好。元武宗时曾“降圣旨”封释觉性为住持僧,保护寺产,免征粮税。元代亦曾加以维修,使得“殿庑焕然复兴,三塔峙立,金碧交辉,巨丽与山埒(相等)”。明代,李元阳重修,亦有“三阁、七楼、九殿、百厦”。